عاد الوئام بين دولتي المماليك والعثمانيين عندما بدأ في الأفق الخطر البرتغالي على حدود الشرق، فطلب قنصوه الغوري مساندة السلطان بايزيد الثاني لإعادة الطريق التجاري إلى البحر الأحمر، فأجيب إلى طلبه وكانت المساعدة التي قدمها العثمانيون تنحصر في إرسال الأخشاب لبناء الأسطول المملوكي وبعض بناة السفن والبحارة. إلا أن إيواء السلطان الغوري لبعض الأمراء العثمانيين الفارين من وجه السلطان سليم وعلى رأسهم الأمير أحمد أخو السلطان سليم أدى إلى توتر العلاقات بين البلدين.